肠道菌群失调是否严重需要看引起了哪些疾病，具体如下：
慢性腹泻：很多慢性腹泻跟肠道菌群失调有关，此时一般不太严重，患者需积极调整肠道菌群。
肝病：肠道菌群失调可能会引起胆汁酸代谢改变、内毒素代谢紊乱等，可能会影响肝功能，严重时出现肝病，此时比较严重。
动脉粥样硬化：肠道菌群失调可能会升高胆固醇水平，大量胆固醇在此沉积，久而久之造成动脉粥样硬化，此时也比较严重。